Veo que también tienes un pequeño problema con el setTimeout, ya que has puesto unos paréntesis.

No es setTimeout(closeVentana(),2000), si no setTimeout(closeVentana,2000);

Prueba este código:

var my_window;

function demo()
{
my_window = window.open("http://www.google.com","mywindow","status=1,width=350,height=150");
setTimeout(closeVentana,2000);
}

function closeVentana()
{
my_window.close();
}

@jcortes,

La visibilidad de la variable my_window se queda dentro de la función demo(). Definela fuera para que sea global y visible desde todas las funciones.

var my_window;

function demo()
{
my_window = window.open("http://www.google.com","mywindow","status=1,width=350,height=150");
setTimeout(closeVentana(),2000);
}

function closeVentana()
{
my_window.close();
}

Me marce error de referencia de un objeto, en este caso seria en el objeto my_window

function demo()
{
var my_window = window.open("http://www.google.com","mywindow","status=1,width=350,height=150");
setTimeout(closeVentana(),2000);
}

function closeVentana()
{
my_window.close();
}